Součástí projektu je výstavba dopravního terminálu, který by měl ve finále být jediným dopravním uzlem pro vlaky, linkové autobusy a městskou hromadnou dopravu.
Terminál má být novými silnicemi propojen s křižovatkou u Agrodatu na Havlíčkově ulici (ta se nyní staví) přes prostor někdejšího nákladového nádraží k ulici Jiráskova u budovy Ferony a do třetice silnicí podél parku Keťásek na Jiráskovu k ulici Hamerníkova. Celý terminál má být dokončen v květnu 2028.
Budování jihlavského městského nádraží začalo v dubnu 1870, investorem byla Rakouská severozápadní dráha (Österreichische Nordwestbahn). Architektem budovy byl inženýr Carl Schlimp. První vlak na nádraží přijel 21. prosince téhož roku. Poslední vlak na starém nádraží zastavil po 154 letech provozu loni 14. prosince v deset hodin večer. Pak začaly přípravy k demolici budovy. Po dobu rekonstrukce vlaky náhradou zastavují na zastávce Jihlava - Staré Hory.
Artefakty z historické budovy si rozebrali muzejníci. „Pult zabezpečovacího zařízení jsme umístili v Muzeu místní dráhy v Telči,“ řekl železniční historik Richard Cila. Další části jako litinové sloupy od nástupiště, části dlažby, zábradlí či původní okna s okenicemi jsou nyní v Národním technickém muzeu, v Muzeu Vysočiny i v Muzeu Moldavské železnice u Litvínova nebo v expozici místní dráhy Rakovník – Mladotice.
Významnou událostí nádraží bylo v roce 1892 slavnostní uvítání německého kancléře Otto von Bismarcka.